Indels en los alineamientos

Como una indel es una adición o eliminación de un par de bases de ADN, la indel en un alineamiento es representada por una apertura o “gap” (comúnmente ilustrada con un guión).

Las mismas dos secuencias de la diapositiva anterior, A C A G A C guion G A y A C A T A C A G A, colocadas una sobre la otra. Tienen nucleótidos idénticos en siete de las nueve posiciones, indicados con asteriscos. En la séptima posición, falta un nucleótido en la secuencia superior (indicado con un guion) en comparación con una A en la secuencia inferior. Este guion se denomina indel.
Un ejemplo de diferencia causada por una inserción o una deleción (indel)